2010年12月，南区一期开诊运行。神经外科、神经内科、心脏大血管外科、心血管内科、康复医学科等优势学科主体搬入南区，安徽省脑立体定向神经外科研究所、安徽省心血管病研究所等研究机构进驻南区。

2017年12月，南区二期开诊。整个南区开放床位近2000张，污水处理站日处理量可达1200吨。